小兒外科(pediatric surgery) 是涵蓋18 歲以下的兒童特別設立的專科，特別是新生兒至小兒的階段，無論在生理、病理、藥理等各方面都與成年人不同。
小兒外科是以年齡取向發展出來的外科次專科，雖在外科手術技巧和成人的一般外科相似，但思維方面，不僅只是病灶切除破壞，還需考量未來的功能重建。近年來本科著手發展小兒微創手術，將三軍總醫院相關醫學經驗及技術完整導引至恩主公醫院，讓周邊居民能享受到醫學中心的照護水平。
- 腹股溝疝氣(微創疝氣修補手術)
- 隱睪症
- 舌繫帶過緊
- 胸廓畸形(漏斗胸/雞胸等)
- 食道氣管異常(食道閉鎖及氣管食道瘻管)
- 先天腸胃道性畸形(膽道閉鎖、無肛症、巨結腸/腸無神經症、小腸閉鎖)
- 臍部異常(臍肉芽腫、開放性臍腸管、開放性臍尿管)
- 兒童會陰疾患(包莖、女陰異常)
- 兒童泌尿系統疾患(腎及輸尿管異常、膀胱輸尿管逆流)
- 血管瘤/淋巴管瘤
- 腹壁缺陷異常(腹裂畸形、臍膨出異常、膀胱外翻)
- 肢體及軀幹皮膚異常
- 各式軟組織腫瘤
